Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля

Simple item page
dc.contributor.authorГарбузинский (Garbuzinskiy), С.А. ( S.A.)
dc.contributor.authorМаткаримов (Matkarimov), Б.Т. (B.Т.)
dc.contributor.authorФинкельштейн ( Finkelstein), А.В. (A.V.)
dc.date.accessioned2016-07-15T09:14:16Z
dc.date.available2016-07-15T09:14:16Z
dc.date.issued2015
dc.description.abstractРазработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом – валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах. A new functional form for force field of non-covalent interactions is developed. Besides traditional members, it involves induced (by partial charges) polarization of all atoms as well as three-particle dispersion interactions of atoms with covalent bonds. The corresponding new members are added to a standard AMBER force field. Within this unified functional form of the force field, parameters of all types of non-covalent interactions are optimized using data on molecular crystals. A noticeable increase in correlation coefficient between calculated and experimental energy of cohesion of molecules in molecular crystals is shown.ru_RU
dc.identifier.citationГарбузинский С.А., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В. (2015). Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля. Математическая биология и биоинформатика. 2015. Т. 10. № 2. С. 580–592. doi: 10.17537/2015.10.580ru_RU
dc.identifier.urihttp://nur.nu.edu.kz/handle/123456789/1679
dc.language.isoenru_RU
dc.publisherМатематическая биология и биоинформатикаru_RU
dc.rightsAttribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/us/*
dc.subjectневалентные атом-атомные взаимодействияru_RU
dc.subjectтрехчастичные взаимодействияru_RU
dc.subjectполяризуемостьru_RU
dc.subjectпарциальные зарядыru_RU
dc.subjectвзаимодействие «атом- ковалентная связь»ru_RU
dc.subjectмолекулярные кристаллыru_RU
dc.subjectэнергия когезииru_RU
dc.subjectResearch Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Theoretical chemistry::Bioinformaticsru_RU
dc.subjectnon-covalent atom-atom interactionsru_RU
dc.subjectthree-particle interactionsru_RU
dc.subjectpolarizabilityru_RU
dc.subjectpartial chargesru_RU
dc.subjectatomic force microscopyru_RU
dc.subject“atom-covalent bond” interactionru_RU
dc.subjectmolecular crystalsru_RU
dc.subjectenergy of cohesionru_RU
dc.titleВключение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поляru_RU
dc.title.alternativeInclusion of the Most Important Multi-Particle Interactions in the AMBER Force Field and Optimization of Energy Parameters of the Revised Force Fieldru_RU
dc.typeArticleru_RU

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
Включение важ..pdf
Size:
653.67 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
6.22 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download

Collections

Research Institute of Biosensors Technology