Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля
No Thumbnail Available
Date
2015
Authors
Гарбузинский (Garbuzinskiy), С.А. ( S.A.)
Маткаримов (Matkarimov), Б.Т. (B.Т.)
Финкельштейн ( Finkelstein), А.В. (A.V.)
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Математическая биология и биоинформатика
Abstract
Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом – валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах.
A new functional form for force field of non-covalent interactions is developed. Besides traditional members, it involves induced (by partial charges) polarization of all atoms as well as three-particle dispersion interactions of atoms with covalent bonds. The corresponding new members are added to a standard AMBER force field. Within this unified functional form of the force field, parameters of all types of non-covalent interactions are optimized using data on molecular crystals. A noticeable increase in correlation coefficient between calculated and experimental energy of cohesion of molecules in molecular crystals is shown.
Description
Keywords
невалентные атом-атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие «атом- ковалентная связь», молекулярные кристаллы, энергия когезии, Research Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Theoretical chemistry::Bioinformatics, non-covalent atom-atom interactions, three-particle interactions, polarizability, partial charges, atomic force microscopy, “atom-covalent bond” interaction, molecular crystals, energy of cohesion
Citation
Гарбузинский С.А., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В. (2015). Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля. Математическая биология и биоинформатика. 2015. Т. 10. № 2. С. 580–592. doi: 10.17537/2015.10.580