Research Institute of Biosensors Technology

Permanent URI for this collection

https://testres.nu.edu.kz/handle/123456789/1126

Browse

Browsing Research Institute of Biosensors Technology by Subject "atomic force microscopy"

Now showing 1 - 1 of 1
  • No Thumbnail Available
    ItemOpen Access
    Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля
    (Математическая биология и биоинформатика, 2015) Гарбузинский (Garbuzinskiy), С.А. ( S.A.); Маткаримов (Matkarimov), Б.Т. (B.Т.); Финкельштейн ( Finkelstein), А.В. (A.V.)
    Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом – валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах. A new functional form for force field of non-covalent interactions is developed. Besides traditional members, it involves induced (by partial charges) polarization of all atoms as well as three-particle dispersion interactions of atoms with covalent bonds. The corresponding new members are added to a standard AMBER force field. Within this unified functional form of the force field, parameters of all types of non-covalent interactions are optimized using data on molecular crystals. A noticeable increase in correlation coefficient between calculated and experimental energy of cohesion of molecules in molecular crystals is shown.