Гарбузинский (Garbuzinskiy), С.А. ( S.A.)Маткаримов (Matkarimov), Б.Т. (B.Т.)Финкельштейн ( Finkelstein), А.В. (A.V.)2016-07-152016-07-152015Гарбузинский С.А., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В. (2015). Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля. Математическая биология и биоинформатика. 2015. Т. 10. № 2. С. 580–592. doi: 10.17537/2015.10.580http://nur.nu.edu.kz/handle/123456789/1679Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом – валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах. A new functional form for force field of non-covalent interactions is developed. Besides traditional members, it involves induced (by partial charges) polarization of all atoms as well as three-particle dispersion interactions of atoms with covalent bonds. The corresponding new members are added to a standard AMBER force field. Within this unified functional form of the force field, parameters of all types of non-covalent interactions are optimized using data on molecular crystals. A noticeable increase in correlation coefficient between calculated and experimental energy of cohesion of molecules in molecular crystals is shown.enAttribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 United Statesневалентные атом-атомные взаимодействиятрехчастичные взаимодействияполяризуемостьпарциальные зарядывзаимодействие «атом- ковалентная связь»молекулярные кристаллыэнергия когезииResearch Subject Categories::NATURAL SCIENCES::Chemistry::Theoretical chemistry::Bioinformaticsnon-covalent atom-atom interactionsthree-particle interactionspolarizabilitypartial chargesatomic force microscopy“atom-covalent bond” interactionmolecular crystalsenergy of cohesionВключение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поляInclusion of the Most Important Multi-Particle Interactions in the AMBER Force Field and Optimization of Energy Parameters of the Revised Force FieldArticle